Как лучше платить зарплату, оклад или проценты от продаж?

Это не взаимоисключающие вещи. Лучше всего платить вообще окладную часть + процент с маржинальной прибыли + KPI + бонусная часть за выслугу, куча разных штук.

Задача системы мотивации — совместить максимально цели бизнеса с целью сотрудника. Соответственно, цель бизнеса — прибыль. Что приводит вашу компанию к прибыли, то и поощряйте. Также поощряйте то, что приводит (если это стоит как цель) к освобождению вашего времени. То есть человек делает те задачи, которые снимают ваши трудозатраты.